לרשות הנחל מוענקות הסמכויות הדרושות לה לשם ביצוע תפקידיה, במסגרת תכנית־אב שתכין, ובכלל זה: (1) סמכויות של רשות ניקוז כאמור בחוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות, התשי״ח–1957 – בכל הנוגע לשטח רשות הנחל שמחוץ לתחום רשויות הניקוז הקיימות; (2) סמכויות למניעת זיהום מים לרבות ציווי על תיקון מעוות כאמור בסימן א1 לחוק המים, התשי״ט–1959, כפי שיקבע נציב המים בעת הענקת הסמכויות; רשות הנחל תעביר לנציב המים העתק מהצווים כאמור בפסקה זו; (3) סמכויות של רשות מקומית, בעניני תברואה וסילוק מפגעים, כמפורט בפקודת העיריות ובפקודת המועצות המקומיות; (4) סמכות רשות רישוי להתנות רשיון בתנאים מיוחדים, כאמור בסעיף 7 לחוק רישוי עסקים, התשכ״ח–1968, בכל הנוגע לעסקים שיש להם או עשויה להיות להם השפעה ניכרת על זיהום הנחל או שיקומו; (5) להכין ולהציע למוסדות התכנון תכניות מפורטות, כאמור בסעיף 67 לחוק התכנון והבניה, התשכ״ה–1965, ככל הדרוש לביצוע תפקידיה; (6) להתקין חוקי עזר, באישור השר, בכל הנוגע לביצוע תפקידיה ולקבוע בהם הוראות שרשות מקומית מוסמכת לקבוע בחוקי עזר; (7) למנות מפקחים במסגרת הסמכויות המפורטות בסעיף זה בכל הנוגע לביצוע תפקידיה; (8) להטיל באישור השר תשלומי כסף על הרשויות המקומיות שבתחומה ועל התאגידים שנציגיהם הם חבריה או כשירים להיות חבריה, לפי מיכסות שתקבע, למימון תקציבה, למעט הוצאות ניקוז; ובלבד שלא יוטלו על רשות מקומית תשלומי כסף לצורך פיתוח ואחזקה של אתרי קיט ונופש שאינם בתחומה, אלא בהסכמת אותה רשות מקומית.