תפקידה של מערכת הבקרה הינו לתזמן את כל חלקי מערך הפרדת האשפה, ולהבטיח הפרדה מלאה בין הזרמים, נוחות בשימוש לדיירי הבית, ומעקב ושליטה ע"י צוות התחזוקה. המערכת תטפל באופן מידי במצבים מיוחדים כדוגמת סתימות . לוח הפיקוד של המערכת יותקן בחדר האשפה בסמוך למתקן ההפרדה, ויוצגו עליו כל מצבי המערך: מצבי שגרה: המתנה, הורדת אשפה, ניקוי, תחזוקה. מצבים מיוחדים: הפעלה\הפסקה של פעולות ניקוי ותחזוקה. מצבי חרום: סתימה בשוט האשפה, תקלת גלאים בקצה השוט, במסוע(אם קיים) או בנתב. במצב חרום תעביר המערכת מסר לצוות התחזוקה (נוהל הטיפול במצבי החרום יצורף לתיק המתקן).