לרשות הנחל מוענקות הסמכויות הדרושות לה לשם ביצוע תפקידיה, ובכלל זה: (1) סמכויות של רשות ניקוז כאמור בחוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות, התשי״ח–1957, אך ורק לגבי שטחים של רשות הנחל שהם מחוץ לתחום רשויות הניקוז הקיימות; (2) סמכויות למניעת זיהום מים לפי סימן א1 לחוק המים, התשי״ט–1959; (3) סמכויות של רשות מקומית, בענייני תברואה וסילוק מפגעים, כמפורט בפקודת העיריות ובפקודת המועצות המקומיות; (4) סמכות של רשות רישוי להתנות רשיון בתנאים מיוחדים, כאמור בסעיף 7 לחוק רישוי עסקים, התשכ״ח–1968, בכל הנוגע לעסקים שיש להם או עשויה להיות להם השפעה ניכרת על זיהום הנחל או שיקומו; (5) סמכות להכין ולהציע למוסדות התכנון תכניות מפורטות, כאמור בסעיף 67 לחוק התכנון והבניה, התשכ״ה–1965, ככל הדרוש לביצוע תפקידיה; (6) סמכות למנות מפקחים במסגרת הסמכויות המפורטות בסעיף זה בכל הנוגע לביצוע תפקידיה; (7) סמכות כאמור בסעיף 18(א) לחוק, להטיל, באישור השר ובכפוף להוראות סעיף 30 לחוק יסודות התקציב, התשמ״ה–1985, תשלומי כסף על הרשויות המקומיות שבתחומה ועל התאגידים שנציגיהם הם חבריה או כשירים להיות חבריה, לפי מיכסות שתקבע, למימון תקציבה, למעט הוצאות ניקוז; ובלבד שלא יוטלו על רשות מקומית תשלומי כסף לצורך פיתוח ואחזקה של אתרי קיט ונופש שאינם בתחומה, אלא בהסכמת אותה רשות מקומית.