חדר ניתוח לניתוחים של חולים מזוהמים יתוכנן באופן שיאפשר שימוש בו בשגרה לניתוחים הגנתיים סטנדרטיים, קרי – מעבר ללחץ חיובי מדוד בחדר ובמבואה, על מנת להימנע מהשבתת החדר מרבית ימות השנה. עם זאת, לפני ניתוח של חולה מזוהם, יש להעביר את המערכות למצב המבטיח איזון אוויר בחדר ולחץ שלילי במבואה, לבודד את האזור ולהעביר את החולה באופן המבטיח מניעת אפשרות העברת זיהומים. לאחר הניתוח יש להעביר את החדר ללחץ שלילי ולשמור על החדר בלחץ שלילי עד לביצוע חיטוי מוכח של החדר ורק לאחריו ניתן לעבור ללחץ חיובי באופן מסודר לצורך קיום ניתוחים סטנדרטיים ) הגנתיים (. בכל מקרה, יש להיוועץ ולקבל אישור בכתב של ממומחה זיהומים בתחום הזיהום הרלוונטי לפני שינוי ייעוד החדר לניתוחים הגנתיים.