יש לדאוג להתקנת מערכת בקרה ייעודית שתשלוט על הפרמטרים השונים של מערכת מיזוג האוויר ותאפשר שליטה על משטרי העבודה השונים במלר"ד, חסכון באנרגיה (אופטימיזציה וסגירה מבוקרת של מערכות) ועמידה על הדרישות הרפואיות (כדוגמת תת לחץ).